Il parere dell'EEA punta il dito contro il presupposto — accettato anche dalla Direttiva UE 2009/28/EC sulle energie rinnovabili — per cui la combustione della biomassa è carbon neutral, in assoluto. Secondo il comitato scientifico dell'EEA la combustione della biomassa, quando il suo prelievo è accompagnato da una riduzione dello stock di carbonio nella biomassa e nel suolo, o quando con il prelievo si compromette il potenziale di un ecosistema di agire come carbon sink (bilancio netto positivo tra carbonio assorbito ed emesso), produce accumulo di carbonio atmosferico. Esattamente come il petrolio, il carbone e il gas naturale.
Nel caso di una superficie forestale matura che viene deforestata per una piantagione a fini energetici si verifica non solo la rimozione dello stock forestale (e il conseguente rilascio in atmosfera di gas-serra), ma anche l'interruzione della possibilità per quella foresta di aumentare il carbon stock (ossia la quantità totale di carbonio immagazzinata nella biomassa viva e morta e nel suolo) e generare ulteriore prelievo di carbonio dall'atmosfera almeno per un certo numero di anni.
In sostanza, secondo il comitato scientifico dell'EEA, la decisione di usare superfici agricole o forestali per bioenergia va a spese d'una minore quantità di carbonio immagazzinato nelle piante e nel suolo.
Il comitato scientifico dell'EEA invita l'UE a rivedere i regolamenti UE e i suoi target energetici e a favorire l'uso della bioenergia da biomassa solo se essa è realmente supplementare (o addizionale) rispetto
a quella esistente.
Il cambiamento d'uso del suolo verso una coltivazione-energia può avere impatti negativi su sicurezza alimentare, biodiversità, qualità del suolo, paesaggio, disponibilità e qualità dell’acqua, inquinamento di
fiumi e laghi, emissione di sostanze tossiche.
